Удалить файлы из git’a с сохранением в файловой системе:
git rm --cached my_file.txt git rm --cached -r my_folder_name
Удалить директорию из git’a без сохранения в файловой системе:
git rm file.txt git rm -r my_folder_name
Чтобы лишние файлы не попадали в репозиторий добавляйте их в .gitignore.